La plaza central del Pueblo Mágico de Loreto es custodiada por la misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó, construida por la orden jesuita en 1697, forma parte de las 10 que conforman la Ruta de las Misiones de Baja California Sur, la cual va desde San Ignacio hasta Los Cabos.
La misión de Loreto es la madre de todas las demás, pues de aquí partieron los jesuitas comandados por el padre Juan María de Salvatierra para iniciar la evangelización y colonización de las Californias. En su interior, el templo conserva sus techos con vigas de cedro, el balcón del coro y un retablo cubierto con hojas de oro.
El espacio también alberga el Museo de las Misiones con alrededor de 300 piezas entre vestigios arqueológicos y arte sacro de los siglos XVII y XVIII. Destacan documentos antiguos como el Catecismo histórico impreso en 1681, el Libro de comentarios del eclesiástico de 1701 y una campana que cayó al mar y fue rescatada y restaurada cien años después.
Otra de las misiones se encuentra en las cañadas de Sierra La Giganta se trata de San Javier de Viggé-Biaundó a 35 kilómetros de Loreto. Es una de las mejor conservadas y con un retablo barroco. Además, está rodeada por campos de olivos antiquísimos (algunos desde el siglo XVIII), donde se siembran hortalizas y árboles frutales.
